З 2006 року у Мала опера діє як арт-простір.
Будівлю нинішньої Малої опери зведено в 1902 році за проєктом архітектора Михайла Артинова. Фасади споруди стилізовані під форми російської архітектури XVII століття, що нагадують казковий терем. Будівлю побудували для Лук’янівського Народного будинку, у ньому діяла безкоштовна бібліотека, амбулаторія та просвітницький центр. На верхньому поверсі був розташований театральний зал на 550 місць. У 1910 році там почав діяти перший в Києві кінотеатр. Після Другої світової війни й до початку 2000-х в будівлі діяв Будинок культури Лук’янівського трамвайного депо (відомий як «Будинок трамвайників»).
У 2005 році влада Києва вирішила реконструювати будинок, а у 2006 році створити Малу оперу Києва. Приміщення було арт-простором, де було розміщено творчі лабораторії, в яких працюють музиканти, художники, фотографи та дизайнери.
15 березня 2022 року російська армія ракетами обстріляла київський історичний мікрорайон Лук’янівка. Вибуховою хвилею було пошкоджено будівлю Київської малої опери, яка має статус памʼятки історії та архітектури Києва. У споруді вибито майже всі вікна, пошкоджено склопакети, вхідні та внутрішні двері й облицювальне тинькування на стелі холу.